O “Prêmio ANPET de Produção Científica” busca valorizar os melhores trabalhos publicados nos anais do evento. A ANPET premia até 14 trabalhos acadêmicos (até 2 por área temática), inscritos em seus Congressos. Os trabalhos poderão ser publicados em uma edição especial anual da Revista Transportes, desde que sejam aprovados no processo de avaliação da revista.

A participação nesta iniciativa é restrita à categoria Artigos Científicos (AC) aprovados no Congresso da ANPET e se dá através da inscrição, no ato da submissão do trabalho. A avaliação dos trabalhos premiados é constituída de três etapas. A primeira etapa trata-se da indicação, por parte dos avaliadores, daqueles trabalhos com qualidade acadêmica reconhecida, que trazem importante contribuição à sua área. Na segunda etapa, os coordenadores de cada área temática, com base na indicação dos Avaliadores, selecionam até cinco artigos, potenciais candidatos à premiação. Finalmente, na terceira e última etapa, que é classificatória, os artigos, recomendados ao prêmio, passam por uma nova rodada de avaliação, cujo corpo de avaliadores, selecionado exclusivamente para o "Prêmio ANPET de Produção Científica", realizam uma classificação dos trabalhos, determinando até dois melhores artigos científicos, por área temática.